Eclipseのいらなくなったワークスペースを消すには、
「ウィンドウ（W)」→「設定（P)」をクリックし、
設定画面の左メニュー、「一般」→「開始およびシャットダウン」→
「ワークスペース」を指定する。
「最近使ったワークスペース」から、いらなくなったワークスペースを選択、「除去（R)」を押す。
（ここではC;\Users\ユーザー名\workspace2）
＊この方法で、Eclipse上では選択できなくなるが、workspaceフォルダ自体は残っています。
別の方法で、「C:\eclipse\configuration\.settings\org.eclipse.ui.ide.prefs」を開き、
「RECENT_WORKSPACES=・・・」の部分から、いらないワークスペースを消去することでも可能だそうです。
