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Eclipseのいらなくなったワークスペースを消すには、

「ウィンドウ（W)」→「設定（P)」をクリックし、

設定画面の左メニュー、「一般」→「開始およびシャットダウン」→
「ワークスペース」を指定する。

「最近使ったワークスペース」から、いらなくなったワークスペースを選択、「除去（R)」を押す。

（ここではC;\Users\ユーザー名\workspace2）

＊この方法で、Eclipse上では選択できなくなるが、workspaceフォルダ自体は残っています。

別の方法で、「C:\eclipse\configuration\.settings\org.eclipse.ui.ide.prefs」を開き、

「RECENT_WORKSPACES=・・・」の部分から、いらないワークスペースを消去することでも可能だそうです。

Eclipseのworkspaceのパスを変更するには、

Eclipseのメニュー　「ファイル（F)」→「ワークスペースの切り替え（W)」→「その他」

を選ぶと、

上のような画面が出てくるので、好きなパスを指定して、「OK」を押す。

再び、Eclipseのメニュー　「ファイル（F)」→「ワークスペースの切り替え（W)」にマウスを置くと

さっき指定したパス（上の画像ではC:￥Users￥（ユーザー名）￥workspace）が

「その他」の上に、表示されているので、それをクリックすれば、

パスの変更がができます。

※ワークスペースを新しくした場合、Android　SDKのロケーションを設定する必要があります。

（メニューの「ウィンドウ（W)」→「設定」から、設定画面の左「Android」をクリックし、
SDKロケーション：に、android-sdk-windowsフォルダのパス
（例えば、C:\Android\android-sdk-windowsなど）を指定する。）

＊ブログ記事：「いらなくなったワークスペースを消すには」